>Sequenziamento su larga scala: Il futuro delle scienze della genomica?

>Gli scienziati possono acquisire conoscenze in nuovi modi di utilizzare microrganismi in medicina e di produzione attraverso uno sforzo coordinato su vasta scala per la sequenza del genoma di microrganismi non solo individuali ma interi ecosistemi, secondo un nuovo rapporto della American Academy of Microbiology, che delinea le raccomandazioni di questo massiccio sforzo.

La relazione, ‘Large-Scale Sequencing: Il futuro di Scienze Genomic?’ si basa su un colloquio convocata presso l’Accademia nel settembre 2008. Il rapporto delinea le raccomandazioni per i grandi sforzi compiuti su scala microbica sequenziamento diretto verso coltivati isolati e singole cellule, così come un approccio comunitario scala per caratterizzare un insieme di ecosistemi definiti di varia complessità.

Fino a poco tempo, l’intero sequenziamento genomi microbici è stata laboriosa e costosa, e la decisione di sequenziare il genoma di un organismo è stata fatta da ricercatori o agenzie di finanziamento. Questo approccio ad hoc per raccogliere la sequenza di dati ha portato ad un ‘fortemente sbilanciata e distorta di campionamento della diversità microbica. Ora, grazie alle nuove tecnologie, il costo e lo sforzo di sequenziamento è a portata di mano anche per i laboratori più piccoli, e la capacità di sequenza del genoma di una frazione significativa della vita microbica può essere possibile. Sistematici sforzi genomica, come quelli delineati nella relazione, in modo significativo ampliare la nostra visione della diversità biologica e di avere effetti importanti sulla scienza.

‘Un consenso rapidamente emerso durante la riunione che un approccio tassonomico spinto a raccogliere microbica informazioni relative al genoma fornirà il maggior impatto sulla nostra visione della diversità microbica, la possibilità di trovare nuovi geni e proteine, e la nostra comprensione della complessità dei consorzi microbiche che mantenere la salute di questo pianeta ‘, dice Margaret Riley, Ph.D., presidente colloquio.

Il rapporto delinea un periodo di cinque punte, l’iniziativa coordinata a descrivere esaurientemente sei diversi ecosistemi microbici, progettato per descrivere tutte le diversità genetica tra genomi. In questo sforzo, la relazione afferma che la sequenza dovrebbe essere integrata da altri dati sperimentali, in particolare transciptomics e dati metabolomica, i quali dovrebbero essere raccolte e curata continuamente.

‘Systematic genomica sforzi come quelle descritte in questo documento in modo significativo ampliare la nostra visione della diversità biologica e di avere effetti importanti in materia di scienza’, dice Riley.

Fonte: American Society for Microbiology

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