>Lacune nella sequenza del cromosoma

>Lacune nella sequenza del cromosoma umano 15 sono stati chiusi mediante l’applicazione di tecnologia 454. I ricercatori scrivono in BioMed Central della rivista ad accesso aperto Genome Biologia hanno descritto un metodo semplice e scalabile per la finitura non strutturali nel genoma lacune assemblee.

Manuel Garber lavorato con un team di ricercatori del Broad Institute del MIT e di Harvard, Massachusetts, Stati Uniti, per sviluppare un approccio per la chiusura della classe III lacune, quelli non strutturali, le lacune che sono refrattari a base di clonare approcci, utilizzando il sequenziamento 454. Egli ha detto: ‘Mentre clone basato su metodi di rimanere uno strumento efficace per attaccare le lacune strutturali, che non risolve le lacune che derivano da sequenze recalcitranti alla clonazione batterica. Il genoma umano contiene ancora 127 classe III lacune, molte delle quali sono suscettibili di essere chiudibili con il metodo descritto qui. ‘

Una differenza chiave tra il 454 e la metodologia tradizionale sequenza è che la 454 non ha alcun processo di clonazione batterica passo. Garber e dei suoi colleghi progettato sei coppie di primer ancorato in unica sequenza che piastrelle tre lacune e utilizzati PCR per amplificare queste regioni. Poi tranciati e direttamente sequenziato il divario-spanning prodotti PCR, utilizzando il 454 GS FLX Life Sciences. Per ogni lacuna, la legge 454 sono stati assemblati in un unico, di alta qualità che coprono il divario contig regione.

Garber ha detto: ‘La tecnica che potrebbe essere presente anche essere applicato alla chiusura delle lacune mirati in altri finito o quasi finito genomi come mouse e cane, che contengono 103 e 47 di classe III lacune, rispettivamente.’

Fonte: BioMed Central

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